یکی از مهم‌ترین سازه‌های بومی ایران در ارتباط با اقتصاد کشاورزی، بناهای موسوم به کبوترخانه است. استان اصفهان از مناطقی است که در زمینه پیشینه و ساخت کبوترخانه‌ در تاریخ بومی ایران نقش بسزایی داشته است. از آنجایی که کبوترخانه‌های گلپایگان و خوانسار تاکنون از نظر تاریخی و باستان‌شناسی به دقت مطالعه نشده‌اند، پژوهش حاضر در تلاش است؛ اهمیت بناهای مذکور را در این پهنه‌ی فرهنگی با توجه به مناسبات سیاسی، اقتصادی و جغرافیایی روشن سازد. روش به کار رفته علاوه بر مطالعه منابع تاریخی، فعالیت میدانی باستان‌شناسی ـ بررسی پیمایشی فشرده ـ است. به منظور دستیابی به اهداف یاد شده 146 کبوترخانه در شهرستان‌های گلپایگان و خوانسار شناسایی، سپس از نظر تاریخی، الگوی پراکنش، عملکرد، میزان فعالیت، قدمت و معماری مطالعه شده‌اند. نتایج پژوهش نشان می‌دهد بیشتر کبوترخانه‌ها در امتداد رودخانه درازرودخانه گلپایگان و رودخانه‌ی خوانسار پراکنده شده و عموماً مربوط به اواخر دوره قاجار بوده‌اند. کبوترخانه‌های خوانسار و گلپایگان برخلاف سایر کبوترخانه‌های مناطق اصفهان که استوانه‌ای شکل هستند، با نقشه چهارکنج (مستطیلی) بنا شده‌اند. یافته‌های دیگر پژوهش نشان می‌دهد کارکرد کبوترخانه‌های خوانسار و گلپایگان همانند سایر کبوترخانه‌های مناطق دیگر ایران تولید کود برای تقویت زمین‌های کشاورزی بوده است.